水是透明的主要原因是因为它的分子结构和光的相互作用。水分子是由一个氧原子和两个氢原子组成的，这些原子以共价键连接在一起。由于水分子的结构对光的吸收非常低，光线在穿过水时会继续传播而不被吸收。因此，人们看到的水是透明的。